нет, они без альфы. в любом редакторе их можно несколькими способами превратить в таковые

простой перегон в ави не даст вам ничего т.к насколько знаю исходники без альфы.
насчет пинаклы то только хрома кеингом (не помню даже сть ли там люма кей)
а в "нормальных" по вомзможностям и инструментарию редакторах можно сделать это track matte либо через режимы смешивания (в данн случае scree или экран) либо люма кеем тем же

более того.пинакла мовы с альфой не видит вообще! там с альфой идут диф формат. или ави но некомпресс (со всеми вытекающими)